酵母菌
酵母菌是*酒酿造中起主要发酵作用的微生物。酵母菌的种类很多，在酿酒工业中应用的酵母菌有酒精酵母、产酯酵母、白酒酵母、葡萄酒酵母、果酒酵母、啤酒酵母、*酒酵母等等。各种酵母菌的形态、培养条件和特性按其种类不同，各有差异。
在传统*酒酿造中，酵母菌主要存在于酒药中。新工艺*酒生产主要采用纯种酵母，即从酒药或酒醪中分离筛选获得优良菌种，用于生产。对酒药的研究表明，传统*酒发酵是多种酵母菌的混合发酵，而不是单一酵母菌作用的结果，这些酵母菌特性各有不同。酵母菌株在*酒酿造中具有举足轻重的地位，尤其是对酒的香味形成起决定性作用，往往是一种酵母菌一种酒味。酿酒酵母主要是把可发酵性糖代谢生成乙醇，除此以外，还会代谢少量的乙酸、琥珀酸等有机酸，对酒的口味产生重要影响。
*酒酿造中除酿酒酵母外，还存在假丝酵母、毕赤酵母、扣囊复膜酵母、汉逊德巴利酵母等，这些酵母虽然不是*酒酿造的主要菌种，但对*酒风味的形成也有一定作用。
丝状真菌
丝状真菌即常说的霉菌，是真菌的一部分。霉菌的种类很多，与*酒酿造有关的，主要是曲霉、根霉、黑曲霉和红曲霉等。这些霉菌不但提供了糖化酶、液化酶、蛋白酶等酶类，而且还在培养过程中分泌大量的代谢产物，有些成为*酒风味的重要组成部分，如*酒的曲香则主要是霉菌代谢而成，米曲霉产生的液化型淀粉酶能分解淀粉产生、麦芽糖和糖，在发酵最后能剩余异麦芽糖等部分低聚糖，不但对人体健康有特殊功能，还能对酒体的丰满度有益；蛋白酶对原料中的蛋白质进行水解形成多肽、低肽及氨基酸等含氮化合物，能赋予*酒以特有的风味并提供酵母作为营养物质；黑曲霉不但能产生糖化型淀粉酶，而还能产生葡萄糖苷转移酶，能使可发酵性的葡萄糖通过转苷作用生成不发酵性的异麦芽糖或潘糖，加大酒的醇厚性；根霉不但能产生强的糖化力，液化力较弱，还可以产生一定量的酒精，一个重要功能是能分泌乳酸、琥珀酸和延胡索酸等有机酸，降低培养基的pH，抑制产酸细菌的侵袭，并使*酒口味鲜美丰满；红曲霉菌是产生红曲的主要微生物，它能分泌红曲素使红曲酒色泽呈鲜红色，而且能产生淀粉酶、蛋白酶等，起到糖化作用，并能产生柠檬酸、琥珀酸、乙醇等，总体对红曲酒的风味产生重要影响，产生的天然他汀类物质，对酒具有防腐作用，并能降低人体中的血脂含量。
有益菌与有害菌
*酒酿造中，由于开放式的发酵形式，必定有各种细菌参与酵母菌和霉菌的发酵活动。如果发酵条件控制不当或发酵设备、用具灭菌消*不严，就会造成产酸细菌大量繁殖，导致*酒产生不同程度的酸败。有些细菌的细胞常常被粘稠的透明层所包围，这粘液层称为荚膜。荚膜的主要成分是90%的水分以及多糖和多肽。荚膜能使液体培养基变稠而粘，所以有时候染杂菌后的*酒发酵醪会发泡、发粘。
在传统*酒中，特别是绍兴*酒酿造过程中会用到酸浆水。浆水中由乳酸菌产生的有机酸，不但能使发酵醪保持较低pH值，有利于糖化发酵，并因含有多量氨基酸和生长素，是酵母良好的营养成分，促进酵母繁殖，而且对绍兴*酒特殊风味的形成具有重要作用。有害菌有醋酸、乳酸菌和枯草芽孢杆菌。尤其是乳酸杆菌的生理特性能适应*酒发酵的环境，容易导致*酒发酵醪的酸败。
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