烟草加工大致要经过：烟叶初烤、打叶复烤、烟叶发酵、卷烟配方、烟支制卷、卷烟包装等七个生产工序，过程中会产生和排放大量有害气体、污染尘和废弃物。
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燃煤污染
初烤是农民把从田间采收的鲜烟叶放置烤房中烧烤调制，使烟叶成为卷烟原料的过程。有文献报道，常规燃煤型烘烤卧室烤房烟尘排放浓度为.67mg每立方米，二氧化硫排放浓度为mg每立方米，一氧化氮排放浓度为mg每立方米。
而复烤、制丝和生产性空调所需的蒸汽，一般由燃煤锅炉提供，期间也会产生大量的有害气体。
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粉尘污染
烟草加工过程中，烘干废气出口粉尘排放浓度和排放速率分别为：每立方米2.16-7.54mg和每小时0.01-0.04kg，烘叶废气出口粉尘排放浓度和排放速率分别为：每立方米2.79-87.4mg和每小时0.05-0.62kg（数据由大理卷烟厂打叶复烤及配套设施建设项目工程竣工环境保护验收公示）。
另，在除尘筛分、风力输送、物流转运过程中，烟丝流动冷却机、卷烟机、烟丝膨胀机、切叶机等加工设备，因设备的不严密会导致烟尘逸散，烟草尘不仅漂浮在工作场所内，还会有一部分通过排气筒泄露，排入大气中。
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真菌污染
由于生产工艺的要求，卷烟厂车间的温度、湿度，适宜真菌的生长繁殖。年有调查显示，某卷烟厂车间内空气中的真菌数量占总菌数的96.4%。车间内的真菌在种属分布上明显区别于其它地区，出现了频率低、数量小的某些真菌，如：杂色曲霉、黑曲霉、烟曲霉等，曲霉菌、黑曲霉菌、毛壳菌等在车间广泛存在。
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恶臭污染
烟草加工各环节中会排放出令人不愉快的烟草气味，又称为恶臭污染。年一项调查表明，某复烤厂车间内烟草气味共剖析出12种有机物，分别为烟碱、甲苯、联苯、茚、咔啨、苯乙烯、丙烯、苯酚等。
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废弃物污染
烟草加工过程中，烟叶以外的烟株组成部分大多被抛弃，少量被挑选出来用于制造膨胀烟丝，薄片或者浸膏。烟叶在收获过程中会产生约5%的初级烟叶，在烟叶复烤及卷烟生产过程中又会产生约1/3的烟梗、碎叶、碎末等。每年有大量的废烟叶、烟杆、烟灰等下脚料由于没有很好的利用而被一把火烧掉，这样的处理不仅浪费资源，又造成环境污染。
烟草加工导致的各种有害气体、污染尘、废弃物，与企业的工艺、设备、自动化生产水平及管理水平有直接关系。
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