标准菌种的传代
按菌种说明书要求复溶菌粉，转种于适宜的增菌培养基内，称第1代（G1），复壮后转接至平板上，并在适当温度下培养适当时间，分离单个纯种菌落，此为第2代（G2）。
．菌种确认后，挑取平板上纯菌落制成浓菌悬液用于制备甘油冷冻管，作为保存菌种（G2），也称传代用菌种，同时挑取纯菌落转接斜面菌种数支，作为工作用菌种，此为第3代（W3）。
将第2代（G2）菌种管冷冻保存，将工作用菌（W3）于适当温度下培养适当时间后用于日常检验。
取一支冷冻保存的第2代（G2）菌种转种于平板和斜面培养基上，平板上的菌种制成冷冻保存管第3代（G3）；斜面培养基的菌种经适当温度下培养适当时间后用作工作用菌种，此仍为第3代（W3）。
将第3代菌种（G3）冷冻或低温保存，将生长、转种后的第2代（G2）菌种经高温灭活处理后丢弃。
按上述规程操作，直至G4转为W5为止，需重新开启冷冻干燥菌种，重复上述规程操作，保存和使用菌种。
当工作用菌种代数小于5时，在规定保存期限内，可直接用上一代工作用菌种转接下一代工作用菌种。
传代用菌种的传代
当无标准用菌种时，可从省（市）药检所购买菌种作为传代用菌种，不需经过复溶增菌，但应划线接种确认。
将购回无异常的传代用菌种（一般为第3代），根据日常检验工作的需要量，挑取纯菌落转接斜面菌种数支，作为工作用菌种(为第4代)，同时，结合菌种的代数和最长保存期限，挑取纯菌落制成浓菌悬液按“6.3.2．”的方法制备甘油冷冻管或液体石蜡管数支，作为传代用菌种（仍为第3代）。
工作用菌种的传代
当工作用菌种代数小于5时，可直接用上一代工作用菌种转接下一代工作用菌种。
取在冰箱4～8℃保存的工作用菌种用普通琼脂斜面传代，并将新传代的培养物替代原有的菌种，作为工作用菌种。
也可取用“甘油冷冻管保藏法或液体石蜡覆盖保藏法”保存的菌种，进行复苏，直接作为工作用菌种。
细菌每1个月传代一次；酵母菌每2个月传代一次；霉菌及芽胞每3个月传代一次。当超过5代，须用传代用菌种传代。
传代时注意无菌操作，使菌株不死亡，不污染、不丢失。同时实验人员也要采取有效的预防措施进行自我保护，如工作时必须穿工作服，佩带无菌手套，实验完成以后消毒实验进行的区域、实验仪器和器具。如发生意外，如菌种泄漏或人员受伤，微生物学检验人员应立即向QC主管报告以便及时进行处理。
传代后，按检定菌种的编号原则编号，并在每一支菌种管上贴上标签，标签内容包括：名称、编号、代数、传代日期、操作人、有效期。交QC主管统一保管。同时及时填写《菌种传代、分离记录》（附表2）。
检定菌种的编号
采用字母加数字表示：英文缩写字母—代次—传代日期—顺序号
菌种的英文缩写字母：大肠埃希菌（E.c）、金黄色葡萄球菌（S.a）、枯草芽孢杆菌（B.s）、白色念珠菌（C.a）、黑曲霉菌（A.n）、乙型副伤寒沙门菌（S.p）
代数用一位带有下标数字的字母表示：传代用菌种用G表示；工作用菌种用W表示；如G3表示传代用菌种第3代；W3表示工作用菌种第3代。
传代日期用6位数字表示：年份取最后两位数，月、日分别用两位数。
如年1月12日传代的第一支大肠埃希菌作为传代用菌种的编号为：E.c-G3--01。
检定菌种的保管
检定菌种设专人加双锁保管，并对所保存的菌种建立《检定菌种保存、领用登记台账》（附表3）。
检定菌种的定期检查与鉴定
在菌种的保存期间，应每天检查保存菌种冰箱的温度、菌种管的塞子是否松动或生霉，并及时填写《检定菌种观察记录》（附表4），如有异常应及时处理。
菌种在保存期内均应根据菌种的特性（工作用菌种每转种两代一次、传代用菌种每三个月一次）检查其菌落性状、革兰染色、显微镜下菌体形态及生化特性等项目，若发现与原菌种变异较大，应重新分离、纯化、鉴定、再加以保存，并做好《检定菌种鉴定记录》（附表5）。
所保管的菌种，不能随意转让其他单位和个人，需要时应有单位证明和批准手续方可供应。
检定菌种的领用与使用
微生物学检验人员根据检验需要，需到QC主管领取工作用菌种或传代用菌种，同时填写《检定菌种领用登记台账》相关内容。
微生物学检验人员从QC主管领取工作用菌种或传代用菌种，用于日常检验或验证试验，使用后及时填写《检定菌种使用登记台账》（附表6），以便追踪菌种使用历史