金花菌和黄曲霉菌同属于真菌，但颜色略有差异。金花菌的颜色，在高倍放大镜下，呈现明显的亮黄色，孢子色泽艳丽、饱满。然而黄曲霉在高倍放大镜下，呈暗褐色，发黄，无光泽。
黄曲霉孢子群是烟雾状的，比较松散，基本没有黏附性，用嘴吹气即散，而金花菌孢子却附着力紧，孢子很难吹散。
有黄曲霉的茶叶，汤色炭黑或棕黑，十分浑浊，4～5泡后汤色变淡但依旧浑浊。金花菌的茶汤色红亮，汤色清亮不混，茶叶耐泡，十多泡之后，仍旧味不减、色不衰。
另外，黄曲霉在验钞机的紫外光下微显荧光，是真是假，自然原形毕露。
含黄曲霉的茶，冲泡后有极强的霉变气味，很呛鼻。金花菌的茶滋味适口，圆顺爽滑，有金花特有的甜香与菌花香。
从两种真菌的生物特性来讲，金花菌发酵开始的第四天，就有黄色素代谢，而且金花菌在第八天左右，就已经发育成熟。黄曲霉菌一般情况下，在生长到第十天左右，开始产生黄曲霉毒素B1。