尽管完熟堆肥在制作时需要时间成本，但从长远看来，它在土壤生态系的可持续改良中却具有重要的意义。本文将对完熟堆肥的一些特征做简要总结。
1.堆肥里的土壤微生物
●土壤里生活着各种各样的微生物，大致分为原生动物、藻类、丝状菌、放线线菌和细菌。其中对有机物的分解有较大贡献的是丝状菌、放线线菌和细菌。在堆肥发酵的初期阶段，各种各样的丝状菌（霉菌）增殖，不过，丝核菌、腐霉菌、炭疽病菌等病原菌也包括在其中。据研究丝状菌在土壤中存在10万种以上，并不是所有的线状菌都有害。丝状菌旺盛繁殖时，表明堆肥还未成熟。
●随着堆肥发酵的进行，放线菌（现在已知的有种以上）会增加。放射线菌从体内释放出抗生素，杀死其他细菌，但并不是全部杀死，而是防止特定的细菌异常繁殖，保持平衡共存。另外，这个阶段堆肥的温度在60℃以上，不耐热的细菌等不能活动，会大幅度减少。
●之后，堆肥发酵稳定后，温度会慢慢下降，会出现更多种类的微生物。据研究细菌的种类从DNA上分类的话超过万种。因此，随着堆肥的成熟，菌种的多样性增加，成为生态缓冲能力更高的堆肥。这种成熟堆肥施用后土壤不容易发生病害，并能抑制恶性菌的增殖。
●之后，随着堆肥的成熟，构成木质素的高分子被继续分解，腐殖质增加并趋于稳定，堆肥的土壤改良效果逐渐提高。
2. 腐殖质
木质素的分解物以及有机物被分解产生的蛋白质/氨基酸等中间产物，受到微生物的和化学的作用而生成各种各样的复杂化学构造的高分子，并聚合成腐殖质。呈黑色或黑褐色（富里酸呈淡黄色，胡敏酸为褐色）。腐殖质和粘土矿物中的金属结合，形成土壤的团粒构造。可以提高土壤的物理/化学缓冲能力，成为微生物的栖息地，对土壤作用极其重要。其基本性质见下面简图。关于腐殖质的更详细讲解，请参考本