食用酵素发酵的原料主要包括各类植物、动物和菌类等，可根据发酵食用酵素时所用原料种类的多少，分为单一原料发酵和混合原料发酵。
1、单一原料发酵
单一原料发酵能够保持原始材料的风味和感官，对于某些特定的原料，通过发酵作用不仅可以最大限度地保留其品质，还可以增加其营养成分。以青梅果渣作为原料，分别接种黑曲霉和根霉进行固体发酵，结果发现，接种黑曲霉组的总酚含量和总黄酮含量都提升30%以上，接种根霉组的总酚含量和总黄酮含量都提升21%以上。
以玫瑰为原料，采用响应面法优化酵母菌和乳酸菌的接种量和发酵时间，在双菌种优化条件下，再接种醋酸菌进行联合发酵，得到的酵素饮料具有独特的玫瑰红色、玫瑰花味、淡淡酒香和口感酸甜适宜等品质。
2、混合原料发酵
混合原料可以调节发酵体系中的碳氮比(C/N)，改善原料的结构特性，增强介质传递，提高微生物对原料的利用率，增加发酵体系的缓冲能力和有机负荷，减少毒性抑制，增加体系的稳定性，从而提高发酵效率。
将苹果汁和乳清接种酸乳酒曲后混合发酵，并采用中心复合设计法对发酵温度和酒曲接种量进行优化，当酒曲接种量为7.56%(质量分数)、发酵温度为24.82℃时，总酚含量和抗氧化活力可以达到最高水平。
以核桃青皮和果蔬为原料，经过发酵、纯化制得的核桃青皮果蔬酵素液酸甜适口，果醋香浓郁，矿物质元素丰富，超氧物歧化酶(SOD)酶活性可达.25U/mL，桃青皮果蔬酵素整体呈现出良好的还原力和总抗氧化能力。
分别将多种水果(苹果、山楂、葡萄、树莓和梨)和植物(大麦幼苗、桑叶、黄秋葵和红薯叶)在最适条件下发酵制得酵素，并将水果酵素原液与植物酵素原液以2∶1混合进行后熟，通过正交试验，确定水果植物复合酵素饮料的最佳配方为复合酵素原液24%、白砂糖6%、蜂蜜1%，经过一次发酵和二次后熟，使酵素具有种类多样性、平衡性和易于吸收的特点。
酵素在日本、中国台湾地区已经发展成相当成熟的产业，在中国大陆的兴起还是近几年的事，但是由于我国地域辽阔，酵素生产原料资源丰富，酵素产业发展势头迅猛，国内酵素逐渐推向市场，越来越多人开始了解酵素，受益于酵素。
摘自：苏二正等．食用酵素的研究进展［J］．生物加工过程，，16(3):95－。
本文摘自知网，作者：华东理工大学生物工程学院工学博士、南京林业大学副教授苏二正