年，在元朝的夏季都城上都，一向欢乐的行宫宫殿内弥漫着混乱、惊恐和痛苦的景象。夏末时节已过，而皇室仍待在那里，尽管他们努力掩饰存在的危机，但很明显，蒙古统治者已深陷动乱之中，这场动乱已威胁到王朝的延续。现存的资料对所发生事情的叙述含混不清，但它表明，在一连串暗杀、失踪和不明死亡中，大汗之位在兄弟之间、父子之间不稳定地交替更迭。从-年，至少有四个黄金家族的成员据有皇位，其中，年，七岁的懿质班大汗在位仅两个月。在皇族内部，从老到少，从低级侍从到大汗，每个人似乎都处在可怕的死亡危险边缘。
成吉思汗
几乎与首都一样，外面的动乱也风起云涌，但威胁社会稳定的，既不是外敌入侵，也不是内部造反；恐惧来自于既严重又神秘、而其危害却到处可见的东西——瘟疫。早晨，一个人还是好好的，但突然之间发起高烧，很快又开始发冷，并伴有呕吐和腹泻；刚才还是生龙活虎、精力充沛的一个人，身体不可思议地突然垮掉了，在惊慌失措的家人面前，肉体开始变得松散，血液开始渗到皮肤下面，并使皮肤变色，肿块成形，瘀血和脓液渗到腹股沟，这些肿块，后来被称为“腹股沟淋巴结炎”（bubo），它来自于希腊语中“腹股沟”一词的写法。
这些肿块随后出现在腋窝和脖子上，由此医学术语把这种疾病称为“淋巴腺鼠疫”。当肿块长到过分大时，它就会完全破裂，由于身体内缺乏氧气，皮下血液变干，于是整个人就开始变黑；因为出现如此明显的症状，所以这种疾病又被称为“黑死病”。经过几天病痛的折磨后，人通常就死了。在有些受害者身上，病魔侵入的是肺部，而不是淋巴结，由于肺内空气带血并产生气泡，病人便窒息而死。他们临死前，通过剧烈的咳嗽、打喷嚏和喘气，又把病传染给周围的人。
鼠疫
根据一些看似真实、但又不能完全证实的记载，疾病发源于中国南方，（黑死病源自中国说的最大漏洞在于：欧洲人能挺过黑死病，因部分人发生了突变基因，即“Delta32突变”，该突变发生在年前，恰好是黑死病肆虐的时期，拥有这种基因突变的人不易患黑死病，对艾滋病亦有较强抵抗力，据测定，14%的欧洲人拥有这种突变基因，而在中国人和非洲人中，仅有2%的人拥有这种基因。）而蒙古士兵把它带到北方。瘟疫病菌（鼠疫杆菌（Yersiniapestis））寄生在跳蚤上，跳蚤附在老鼠身上，而老鼠则藏匿于从南方运来的食物或其他贡品中。
虽然跳蚤一般不会感染人类，而且马匹的气味就可以驱除它们，但是它们却能躲在一袋袋谷物中、人们的衣服上和其他靠近人类的地方，一有机会它们就会跳上去。被感染的跳蚤一旦到达戈壁，就很容易找到舒适的“新家”——旱獭的洞穴和啮齿动物的广阔领地，它们从此就在那里生长。在辽阔的蒙古大草原上，瘟疫就像致命的病毒一样存在着，但在这样稀疏的居住环境中，它产生不了多少危险。甚至到了现在，虽然每年夏天都有一部分人死于瘟疫，但是，在缺少跳蚤的蒙古住地，与众多马匹生活在一起的少量人口，很注意防止这种疾病成为传染病。相比之下，在人口密集的中原城市中，以及后来在其他地区的城市中，疫病的产生就有了适当的环境——鼠群，它们长期生活在靠近人类的地方，没有人会怀疑它们是疫病的病源。
据记载，年，河北省有百分之九十的人口死亡。据说，到年，中国有二分之一到三分之二的人口死于瘟疫。在13世纪初，这个国家共有居民一亿两千三百万，但到14世纪末，人口锐减为六千五百万。
中国是“蒙古世界体系”的制造加工中心，随着大量货物从中国流出，疫病也接踵而至，似乎一下子朝各地蔓延。对各贸易站附近的墓地进行考古研究，有证据表明，到年，瘟疫从中国横穿过天山山脉，扫荡了吉尔吉斯斯坦伊塞克湖附近一个基督教贸易区。瘟疫是一种商业传染病。同样地，蒙古的道路和商队把13、14世纪的欧亚世界密接在一起，他们运送的不仅仅是丝绸和香料；道路和驿站是蒙古人为商人修建的，无意间也成为跳蚤的中转站，从而也成为疫病的传送站。商队携带着奢侈的织品、稀有的香料和华丽的宝石不断前行，同时也带着跳蚤行路，而它们则把瘟疫从一个营地传播到另一个营地，从一个村庄传播到另一个村庄，从一个城市传播到另一个城市，从一个大陆传播到另一个大陆。如果瘟疫表面上只是破坏山口的一个重要驿站，或阻塞穿越沙漠的一条通道，那么它潜在的威胁就是，把这个庞大帝国内的一大块区域隔绝起来。
年，瘟疫到达金帐汗国的首都——位于伏尔加河下游的萨莱。此时，金帐汗（也称钦察汗）札尼别正准备围攻克里米亚半岛的卡发港（今乌克兰费奥多西亚），它是热那亚商人为把俄罗斯的奴隶贩卖到埃及而建立的一个贸易港口。蒙古人有时与意大利的奴隶贩子合作，有时却禁止这种贸易。蒙古当局好几次关闭贸易港口、驱逐热那亚人，但是每一次的最终结果还是转向温和，允许他们返回。为保护自己不受蒙古人的威胁，维护奴隶运输线，热那亚人在城市四周修建一堵坚固的防护墙，还建起一堵辅助性的内墙来保卫港口的心脏地带。
蒙古
当城市被蒙古人攻克，热那亚人和其他难民坐船逃离港口时，他们把疾病带到君士坦丁堡，疾病很容易地从那里传到埃及开罗和西西里岛的墨西拿。如果城市是瘟疫理想的发源地，那么封闭的船上环境则是它舒适的温床，在那里，人、老鼠和跳蚤紧密地混杂在一起，而且没有跳蚤害怕的马匹气味和火。在陆地商道上，人群行走相对缓慢，疾病必须要等到有推车或大宗货物时才能传播，而在海上，瘟疫却以风速传播。年，瘟疫蹂躏了意大利城市，同年6月，它进入英格兰。到年冬，瘟疫已从法罗群岛经冰岛横穿北大西洋，到达格陵兰岛。可能有百分之六十的冰岛居民死于疫情，瘟疫很可能是格陵兰岛上好斗的维京人（北欧海盗）最终消失的最重要原因。
据不完全估计，从—年的六十年中，非洲人口从八千万下降到六千八百万，亚洲从两亿三千八百万下降到两亿零一百万。世界总人口，包括美洲——在接下来的两个世纪中，那里没有遭受瘟疫袭击——从约四亿五千万下降到三亿五千万和三亿七千五百万之间，以14世纪的幸存者人数来算，总共损失至少七千五百万人，每年损失超过一百万人。随着证据的日益积累，学术研究表明损失的数字还在继续增大。欧洲人口从七千五百万下降到五千两百万。单单一个欧洲大陆的死亡人数就达两千五百万，这就与20世纪全世界的艾滋病死亡人数总数大致相当。
然而，对于14世纪的欧洲来说，这个数字代表着欧洲总人口的三分之一和二分之一之间。比较起来，第二次世界大战对欧洲造成的巨大损失如下：英国损失不到百分之一的人口；作为主战场之一的法国，损失百分之一点五的人口；德国损失百分之九点一的人口；普遍的饥荒使二战中波兰和乌克兰的死亡率达到百分之十九，但即便如此，它还是远远低于14世纪的瘟疫死亡率。
瘟疫过后，一些地区的人口彻底灭绝，而有些城市实际上却安然无恙。米兰就采取了一个有效的防范措施。当瘟疫在一所房子里爆发时，官员们就迅速将整幢房屋密封起来，所有人——患病者和健康者、朋友和仆人——全部被封在里面。其他城市采取的措施不怎么有效，如以钟声示警，或以钟声停顿为号。不管传染病是否只在特定区域爆发，它永远地改变了这个大陆上每一个地区的生活。瘟疫有力地破坏了自罗马帝国崩溃以来一直支配着欧洲的社会秩序，使这块大陆陷于危险的混乱之中。疾病使城市居民迅速减少，从而也将知识阶层和能工巧匠摧毁。
瘟疫对社会造成的重大影响，被全面地记录在佛罗伦萨——该城于年爆发瘟疫，被记录在乔万尼·薄伽丘的作品中，他也失去了众多亲人和好友。在他的《十日谈》中，有十位年轻的贵妇人和十位男士逃离瘟疫，避难于乡间领地，他们通过讲故事来打发时间。据薄伽丘描写，在当时的社会里，丈夫抛开妻子，母亲遗弃孩子，而这一切仅仅是为逃避瘟疫。无数人死亡，以至于牧师根本来不及举行入葬仪式，挖掘工找不到地方掩埋尸体，只能把他们扔进群墓，而剩下的只有喂猪狗。“法律、人和上帝的神圣权威遭到践踏，几乎完全崩溃了”，官员们“无法履行职责；由此，每个人都放任地去做自己认为正确的事”。
人们不清楚疾病发生的真正原因，也不知道其传播的途径，他们仍然认为它与商业活动、进出城市的人员流动有密切关系。薄伽丘、彼特拉克和同时代其他人的作品显示，人们应对疾病的两项主要措施是，如果有可能就放弃城市，或者至少严禁外人入城。任何一项措施都会立刻中断贸易、交通和运输。全欧洲的地方当局都颁布瘟疫法令，限制它的传播，控制人们的行动。年，位于托斯卡纳（意大利的一个行政区——译者注）的小城皮斯托亚，阻挡来自疫区的人入城，禁止任何旧纺织品进口，也不许销售水果或被屠宰的牲口，这可能会产生死尸味，而人们怀疑这种气味有助于疾病的传播。同样地，他们还严禁鞣皮生意，而没有它，皮货贸易也就会停止；从其他地方回来的居民只能携带约十四公斤重的少量行李；如果一个人死于瘟疫，那么任何人都不能到他家去送礼物，或去他家走访；任何人都不允许购买新衣服。
丝绸之路
瘟疫不仅将欧洲隔绝起来，而且还把波斯、俄罗斯与中国、蒙古故地之间蒙古人的联系完全切断。波斯的蒙古统治者在中国拥有领地和工场，但他们再也无法得到来自这些领地和工场的货物，在中国的黄金家族也无法获得俄罗斯或波斯的物品。随着各政治板块之间联系的断裂，黄金家族之间所有权的连锁体系不断瓦解。瘟疫使国家荒芜，民不聊生，它也隔断了贸易和进贡，从而使蒙古黄金家族丧失了基本的物资供应来源。近一个世纪以来，蒙古人利用他们之间共有的物质利益，克服将他们分开的政治裂痕；甚至在牺牲政治统一之后，他们仍然在文化上和商业上维持着一个统一的帝国。在瘟疫的猛烈冲击下，核心区不复存在，世界体系也随之瓦解。蒙古帝国依靠的是，人员、物资和信息在辽阔国土内快速频繁的流动；没有这些互为关联的因素，就没有帝国。
作为外来征服者，蒙古人已经为其臣民所容纳——他们的人数要远远超过蒙古人，达到了一千比一——因为在军事力量消散很久以后，蒙古人继续促进大量商品的全面流通。瘟疫流行的后果在于，成吉思汗黄金家族的各个分支之间，既无法进行贸易，也不可能进行军事援助，他们各自都不得不在日益动荡的环境中自谋生路，而这种环境可能很快就变得对蒙古人不利。在丧失军事力量和商业收益这两大优势后，俄罗斯、中亚、波斯和中东的蒙古人开始寻求新的权力形式和合法性基础，他们与臣民通婚，有意识地去接近臣民的语言、宗教和文化。蒙古当权者清除家族中萨满教、佛教和基督教的残余因素，强化对伊斯兰教的义务，因为它是臣民们的基本信仰，在俄罗斯的金帐汗国，黄金家族的权力需要突厥军队来维持，而他们信仰的就是伊斯兰教。
由于蒙古皇室家族的不同成员与被统治者中的不同宗教派别结盟，所以皇族各世系之间的裂痕不断扩大。俄罗斯的金帐汗比在伊拉克、伊朗的堂兄弟要早成为伊斯兰信徒，他随即就与埃及联盟，共同反对伊利汗国。随后，伊利汗国的蒙古统治者在皈依伊斯兰教时，根据现实政治的需要，在逊尼派和什叶派之间摇摆不定地进行选择。在完者都统治时期，他本人是什叶派最忠实的信徒，一场针对少数派如佛教徒和犹太教徒的残酷迫害运动由此开始。成吉思汗帝国的基本原则灰飞烟灭。
清真寺
中东的蒙古统治者变成穆斯林，他们似乎是以忽必烈汗为榜样，因为忽必烈就是通过表现自己的汉化倾向，来巩固他在汉地社会的统治。可是，忽必烈汗的后继者却没有以他为榜样，也可能是他们无法洞察他那灵活善变的权术。忽必烈的后继者们没有使自己更加汉化，他们反而不断地镇压汉地民众，孤立自己。在那个动乱的时代里，个别蒙古皇室成员说自己做了一个梦，梦中成吉思汗命令他们要用各种新的严厉手段进一步镇压汉地民众。
蒙古文化
蒙元王朝的大汗越来越隔绝于臣民之外，也没有采取有效措施阻止瘟疫的蔓延，首都紫禁城外的社会接近崩溃。最明显的一个征兆可能就是，蒙古统治者辛辛苦苦、小心翼翼建立的货币制度已经失控。经济发展与纸币发行之间的关系，变得更加复杂和不可预测，超出了官员们的想象，货币制度逐渐偏离正常轨道。至少是因为蒙古统治呈现出衰落的迹象，所以人们对纸币的信心下降，导致纸币贬值而铜币和白银的价值上升。通货膨胀变得非常严重，到年，纸币事实上已毫无价值。
在波斯和中国，崩溃很快就来到了——时间分别是年和年。波斯伊利汗国的蒙古人消失了，他们或是被杀，或是被人口众多的、以前的臣民所同化。在中国，妥贴睦尔大汗和六万蒙古人设法逃出明朝反叛者的手掌，但是他们却扔下约四十万蒙古人，这些人或是被俘虏、杀害，或是被汉地人民同化。那些退回到蒙古草原的人，重新开始畜牧主义的游牧生活，这样一来，蒙古人从-年对中国的统治，几乎只是一段插曲，仅仅是他们暂住于南方夏季营地的一段插曲。俄罗斯的金帐汗国分裂为许多小汗国，在四个世纪的沧桑岁月中逐步衰落。由于长期的互相影响，蒙古人和他们的突厥盟友彼此融合，形成许多不同的突厥-蒙古人族群，他们互相之间保持着各自独立的身份，他们也游离于广大斯拉夫民族之外。
